A OncoKB é uma base de dados que contém informações biológicas e clínicas sobre alterações genômicas no câncer. Em outubro deste ano, se tornou o primeiro banco de dados de variantes somáticas humanas a ser reconhecido pelo FDA.
Grande volume de dados genômicos: como interpretar?
Com o crescimento da compreensão dos padrões genéticos de tumores, a análise prospectiva com marcadores moleculares é cada vez mais reconhecida como um componente do tratamento de rotina na oncologia.
O sequenciamento genético também tem sido aplicado de forma mais ampla como uma ferramenta de investigação, com o objetivo de combinar pacientes com tratamentos que visam as mutações (ou vias) que conduzem o crescimento e progressão de tumores individuais.
Com a mudança de testes de alterações únicas e pequenos painéis mutações pontuais para painéis de genes maiores e plataformas de exoma e genoma completo, a interpretação do significado clínico de alterações genômicas identificadas em tumores individuais tornou-se um desafio.
De forma resumida, as mutações identificadas são classificadas em níveis de evidência, conforme seu desfecho clínico.
Nível de evidência 1: Alterações que fornecem informações essenciais para análise da eficácia e segurança de produtos terapêuticos. Sua implicação clínica é avaliada por validações analíticas, clínicas e concordância com resultados preliminares.
Nível de evidência 2: mutações com evidência de significado clínico relevante. São avaliadas em por validações clínicas e analíticas.
Nível de evidência 3: mutações com potencial significado clínico. Podem ser avaliadas em ensaios clínicos ou serem elegíveis para tais.
Parece fácil, né? Mas quando o dado do exoma/genoma completo é gerado, como identificar os níveis de evidência do que está sendo representado? A maioria das alterações somáticas identificadas pelo exoma total e sequenciamento de painel de genes grandes não possuem influência no prognóstico do paciente ou na resposta à terapia. O menor subconjunto consiste em mutações conhecidas que são clinicamente significantes.
Dessa forma, ferramentas e bases de dados buscam oferecer suporte clínico que facilitem a visualização dessas informações, em um formato padronizado e facilmente interpretável, permitindo a médicos de todos os níveis de conhecimento e em todos os centros. Com isso, os médicos podem interpretar as alterações genômicas detectadas em amostras de tumor de pacientes e tomar decisões de tratamento ideais para cada paciente com câncer.
A base de dados OncoKB
A OncoKB é uma base de conhecimento de oncologia (do inglês, oncology knowledge base) desenvolvida no Memorial Sloan Kettering Cancer Center, contendo informações biológicas e clínicas sobre alterações genômicas no câncer.
A base de dados identifica alterações moleculares somáticas com efeitos biológicos e oncogênicos, e marcadores de prognóstico e significância preditiva. As implicações potenciais do tratamento são estratificadas pelo nível de evidência de que uma alteração molecular específica é preditiva da resposta ao medicamento.
Em outubro deste ano, a OncoKB se tornou o primeiro banco de dados de variantes somáticas humanas a ser reconhecido pelo FDA. Esse reconhecimento é parcial, incluindo alterações específicas do tipo de tumor e seu nível de evidência.
Até o momento, não há identificação de nenhum gene com alterações em nível de evidência 1 no banco de dados. Já para os níveis 2 e 3, foram relatados 68 genes em 61 tipos de câncer.
O público-alvo é principalmente oncologistas clínicos, patologistas moleculares e pesquisadores de câncer. No entanto, os desenvolvedores de testes de sequenciamento de nova geração (NGS) avaliando perfis tumorais também podem contar com o banco de dados para obter informações de variantes para apoiar a validade clínica de seus testes.
Dados e afirmações em um banco de dados são considerados evidências científicas válidas que podem ser usadas em validação e desenvolvimento de testes de perfis tumorais. O reconhecimento da FDA incentiva o compartilhamento de dados de variantes humanas, reconhecendo a importância da transparência para uma interpretação precisa das variantes humanas e classificação de patogenicidade. Assim, espera-se que todos os dados em um banco de variantes humanas sejam publicamente acessíveis, bem como a evidência para apoiar as classificações finais das variantes.
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Referências:
CDRH’s APPROACH TO TUMOR PROFILING NEXT GENERATION SEQUENCING TESTS. FDA FACT SHEET.
OncoKB. MSK’s Precision Oncology Knowledge Base.
Debyani Chakravarty et al. OncoKB: A Precision Oncology Knowledge Base. JCO Precision Oncology 2017.
